專利申請?zhí)?/span>:  

CN200810223683.1

專利類型:

發(fā)明

IPC 分類號:   

G06F19/18

應用領域:  

用于規(guī)?；鞍踪|(zhì)鑒定。

現(xiàn)有技術缺點:  

現(xiàn)有技術在計算機上對肽序列的排序和去冗所要花費的時間較長、效率較低。

技術優(yōu)勢:

1、動態(tài)劃分每次索引的肽序列范圍，將詞典和倒排表的創(chuàng)建過程全部放在內(nèi)存中完成，保證高效率的創(chuàng)建索引。

2、每次在內(nèi)存中保留一定質(zhì)量范圍的索引，不需要產(chǎn)生臨時文件， 空間消耗低。

3、肽序列用定長結構表示，有利于存儲和查詢。

4、采用位向量來標記肽序列是否為冗余序列，避免在肽序列數(shù)組中刪除元素。

摘要:   

本發(fā)明提供一種規(guī)?；鞍踪|(zhì)鑒定中的索引加速方法，包括：為肽序列設定質(zhì)量區(qū)間；為計數(shù)窗口設定大小，并結合質(zhì)量區(qū)間設定計數(shù)窗口的數(shù)目以及各個計數(shù)窗口的范圍；對蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫做模擬酶切，根據(jù)模擬酶切所得到的肽序列的質(zhì)量計算肽序列在各個計數(shù)窗口內(nèi)的數(shù)量；根據(jù)計算機內(nèi)存的大小得到在計算機內(nèi)存中一次可處理的肽序列的數(shù)量，結合肽序列在各個計數(shù)窗口內(nèi)的數(shù)量，得到在計算機內(nèi)存中一次處理的肽序列的質(zhì)量范圍段；對蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫做模擬酶切，將所得到的在一個質(zhì)量范圍段內(nèi)的肽序列保存在計算機內(nèi)存中，并在計算機內(nèi)存中完成對所保存肽序列的排序、去冗余以及建立詞典和倒排表的操作；為每個質(zhì)量范圍段建立詞典和倒排表。

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